Nel 1640 arriva in Portogallo l’ultimo rapporto di Padre Ferreira, gesuita missionario in Giappone. La missiva narra di terribili persecuzioni verso i cristiani e nel lungo tempo in cui la lettera ha impiegato ad arrivare si è sparsa anche la voce che padre Ferreira abbia abiurato la fede cattolica e si sia sposato. Padre Rodriguez e Padre Garupe, giovani religiosi formati da Padre Ferreira non possono credere che il loro mentore non sia stato in grado di sopportare il martirio e decidono di partire per il Giappone per riabilitare la figura del loro maestro.

Ho amato molto Silence per la lucidità con cui Scorsese ci mostra passo passo il percorso interiore di Padre Rodriguez che con il confratello Padre Garupe parte per il Giappone pur sapendo di dover affrontare un viaggio pericoloso e forse mortale ma se Rodriguez nella sua giovanile esaltazione religiosa si crede pronto al martirio per imitare Cristo, non immagina neppure che quello che lo aspetta è soprattutto un viaggio dentro sé stesso alla scoperta della propria fede.
Se i due religiosi partono principalmente con l’intento di riabilitare il loro mentore che credono vittima di calunnia, soprattutto Padre Rodriguez rimane colpito dalla fede cristallina dei cristiani giapponesi disposti al martirio pur di non abbandonare la loro religione e l’esaltazione del religioso cresce nel rivivere in prima persona un momento drammatico ma glorioso simile a quello dei primi cristiani nelle catacombe.
Ben presto imprigionato Padre Rodriguez deve confrontarsi con una realtà più subdola di quel che avrebbe mai potuto immaginare: l’inquisitore non vuole il suo sangue, non è spietato nei suoi confronti ma circuisce il gesuita con raffinata crudeltà, anche psicologica perché gli sottopone gli aspetti latenti di colonialismo insiti nell’evangelizzazione e lo pone di fronte alla scelta di rinunciare alla fede per salvare i suoi compagni di sventura, contadini innocenti colpevoli non tanto di professare una fede diversa quanto di essere a migliaia quindi sacrificabili mentre l’ultimo prete cattolico del Giappone ha un valore inestimabile: la sua abiura, anche solo formale, sarà d’esempio per il popolo.
Lentamente, dopo aver ritrovato Padre Ferreira che effettivamente vive come un giapponese sposato, Rodriguez capisce che il sacrificio più grande è l’abiura: tradire sé stessi per salvare gli altri e il religioso troverà la forza di compiere questo estremo passo di umiltà.

Contraltare di Rodriguez è  Kichijiro, il giapponese ubriacone incontrato a Macao che diventa la guida dei due religiosi nel viaggio in Giappone.
Kichijiro è roso dal rimorso di aver abiurato, calpestando un’immagine sacra mentre tutto il resto della sua famiglia ha preferito morire piuttosto che venire meno al credo, Confessato da Rodriguez, Kichijiro tradirà ancora la propria fede, e sarà il delatore che fa arrestare Rodriguez ma sul suo destino Scorse lascia un dubbio: trovato con indosso un’immagine sacra non sappiamo se  Kichijiro verà punito o abiurerà per la quarta volta, al regista interessa fondere nel suo personaggio le figure antitetiche di Pietro e Giuda: in fondo anche il primo Papa ha rinnegato tre volte Gesù la notte della Passione.
Oltre che religioso, Silence è un film profondamente politico: impressiona che l’alto dignitario giapponese incaricato di sradicare la fede cristiana sia chiamato inquisitore, parola che a noi riporta a mente gli orrori perpetrati dalla fede cristiana ma ancora una volta se la vera fede è qualcosa di intimo che può trascendere l’abiura il vero scandalo è quando la fede diventa emblema di potere e peggio del potere politico c’è l’arroganza di vuole assoggettare la libertà di credo, quindi di pensiero dell’altro, con pubbliche mortificazioni.